离子色谱仪分离的原理是基于离子交换树脂上可离解的离子与流动相中具有相同电荷的溶质离子之间进行的可逆交换和分析物溶质对交换剂亲和力的差别而被分离。适用于亲水性阴、阳离子的分离。
离子色谱主要用于环境样品的分析，包括地面水、饮用水、雨水、生活污水和工业废水、酸沉降物和大气颗粒物等样品中的阴、阳离子，与微电子工业有关的水和试剂中痕量杂质的分析。
另外在食品、卫生、石油化工、水及地质等领域也有广泛的应用。
经常检测的常见离子有
阴离子:F, Cl, Br, NO,PO4,NO,SO4,甲酸，乙酸，草酸等。
阳离子:Li, Na, NH,K, Ca,Mg, Cu, Zn, Fe, Fe等。
离子色谱仪分离测定常见的阴离子是它的专长，一针样品打进去，约在20分钟以内就可得到7个常见离子的测定结果，这是其他分析手段所无法达到的，关于阳离子的测定离子色谱法与AAS和ICP法相比则未显示出优越性。
环境: 大气成分(粉尘、颗粒物、雾、酸气)、酸雨、水质分析
食品: 污染成分、添加剂、固有成分、掺假、生产过程监控
农业: 农药、肥料、土壤、饲料、粮食、植物分析
医学: 血液、尿、输液成分、临床检查、人体微量元素分析
生物: 蛋白质分离纯化、
制药: 植物药材、矿物药成分、制剂成分分析
材料: 金属材料、半导体材料、表面处理、超纯水分析
工业: 原料分析、产品质量控制、电解电镀液解析、造纸
化工: 原料和产品分析、反应过程监控
日化: 化妆品、洗涤剂、清洁剂、原料和产品成分分析
离子色谱是高效液相色谱的一种，所以能在这么多范围被桂广泛应用。
